Övrig utrustning

På biologiska institutionen har vi bland annat nedanstående utrustning. Innan du köper någonting nytt ta en titt här och se om du kanske kan använda något som redan finns istället.

3D-skrivare Makerbot Replicator 2

Användning: En 3D-skrivare för tillverkning av avancerade konstruktioner i plast finns i Biologihus C. Användning endast efter överenskommelse. För att kunna konstruera objekt som ska tillverkas krävs kunskap i att rita i CAD-program (till exempel onlineprogrammet TinkerCAD).

Placering: Biologihus C, bottenvåningen, Zoofysiologi.

Pris: Efter överenskommelse.

Kontaktperson: Fredrik Johansson, Per_Fredrik [dot] Johansson [at] biol [dot] lu [dot] se, Zoofysiologi, 046 222 93 51.


Feromongruppens GC-labb

Vårt GC-labb är utrustat med två GC-MS (gaskromatograf med masselektiv detektor) och en GC (gaskromatograf). Dessa instrument kan användas till detektion och identifiering av spårmängder ner till pikogramnivå av de flesta flyktiga organiska ämnena, till exempel växtsubstanser, inkorporerade stabila isotoper eller metaboliter av feromonintermediärer.

Utrustning:

  • GC Agilent 7890A med masspektrometer 5975C med inert Triple-axis EI. Den har automatisk vätskeinjektor (ALS) för 150 prover. Inköpt 2013.
  • GC Agilent 6890 med masspektrometer 5973 EI och ALS för 100 prover.
  • GC Hewlett-Packard 5890 Plus med flamjonisationsdetektor (FID) för att testa provers kvalitet innan man kör MS, kvantifiering eller renhet av prover.

Alla gaskromatograferna kan utrustas med olika typer av kolonner; icke-polära, polära eller kirala specialkolonner för att analysera olika typer av prover. Programvaran är ChemStation i alla instrumenten. Masspektrometrarna har flera olika MS-bibliotek, t.ex. senaste NIST.

Provpreparering kan ske i labbet. Vi har också utrustning för doftuppsamlingar med mini-pumpar och filter i labb eller i fält (porapak, tenax, aktiv kol), SPME och "closed-loop pump".

Placering: Ekologihuset, plan 2, Feromongruppen.

Användarregler: Endast efter överenskommelse med kontaktpersonerna. Hjälp med provpreparering eller tolkning av kromatogram kan eventuellt fås av Hong-Lei Wang i mån av tid och på villkor som bestäms i varje enskilt fall.

Pris för GC-MS: 60:- per prov (+ påslag för indirekta kostnader) för rutinanalyser.

Kontaktpersoner: Hong-Lei Wang, Hong-Lei [dot] Wang [at] biol [dot] lu [dot] se, 046-222 01 26 och Erling Jirle, Erling [dot] Jirle [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 49 99.


FlowCAM – partikelanalysator med bildfunktion

Användning: En FlowCAM (Fluid Imaging Technologies) finns i Ekologihuset. Det är en partikelanalysator med hög kapacitet för mikroorganismer och mikroskopiska partiklar, t.ex. cyanobakterier, fossila cystor, nematoder, malariaparasiter, röda blodkroppar, fytoplankton och zooplankton. Förutom en bild på varje partikel får man datavariabler på varje enskild partikel, såsom antal, volym, fluorescens med mera. Programvara finns på ansluten PC.

Placering: Ekologihuset, Akvatisk ekologi.

Pris: Enligt överenskommelse.

Kontaktperson: Marie Svensson, Marie [dot] Svensson [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 37 51, Akvatisk ekologi.


Flödescytometer Accurri BD

Användning: En flödescytometer, BD Accuri C6 (Oskar) inköpt 2012 finns i Biologihus C. Den kan mäta olika fysiska och kemiska egenskaper hos celler och partiklar med hög precision. Flödescytometern används både till forskning och undervisning. Exempel på tillämpningar den används till är bestämning av cellyteproteiner, intracellulära proteiner, apoptos, enzymaktiviter, cellcykelfasfördelning samt cell- och mitokondriemembranpotentialer.

Placering: Biologihus C, 1 tr, Zoofysiologi.

Pris: Efter överenskommelse.

Kontakt: Stina Oredsson, Stina [dot] Oredsson [at] biol [dot] lu [dot] se, Zoofysiologi, 046 222 94 97.


Flödescytometer #2

Den andra flödescytometern av modellen BD Accuri C6 är placerad i biosäkerhetslabb nivå 2 i Biologihus A och används för patogena mikroorganismer. Denna apparat är även utrustad med en selektiv lasermodul för cytometrisk "bead array-analys" och en CSampler Plus robotarm som medger hög analyskapacitet med hjälp av 96-brunnsplattor.

Kontaktperson: Fredric Carlsson, Fredric [dot] Carlsson [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 40 81, Molekylär cellbiologi.


GC-FID för headspace-prover

Användning: Denna gaskromatograf kan användas för att mäta markrespiration (koldioxid), metanproduktion, kvävefixeringsaktivitet (acetylenreduktion), etylen m.m. i headspace-prover. Instrumentet är en YL Instrument 6500 GC med en HTA autosampler för 40 prover, inköpt 2014. Det kan bara användas efter överenskommelse med kontaktpersonen.

Placering: Ekologihuset, Plan 2, Biodiversitet.

Pris: Årsavgift + avgift per prov. Om man själv står för vialer, lock m.m. blir driftskostnaden mindre än 10 SEK/prov.

Kontakt: Johannes Rousk, Johannes [dot] Rousk [at] biol [dot] lu [dot] se, MEMEG, 046 222 37 45.


HPLC

Med hjälp av HPLC (High Pressure Liquid Chromatography) kan man separera och rena upp komplexa blandningar av enzymer/proteiner/makromolekyler på µg/ng-nivåer. Fraktioner kan samlas upp för senare analys av på andra instrument av enzymaktiviteter, isotoper och masstal. Ett stort antal kolonner av olika typ finns tillgängliga. HPLC:n är en Thermo Scientific Ultimate 3000 inköpt 2012.

Användning: Analyser av upplöst organisk material, extracellulära enzymer och proteiner i jordar. Instrumentet kan endast användas efter överenskommelse med kontaktpersonen och i mån av tid.

Placering: Ekologihuset, plan 2, MEMEG

Priser: Enligt överenskommelse.

Kontaktperson: Tomas Johansson, Tomas [dot] Johansson [at] biol [dot] lu [dot] se, MEMEG, 046 222 45 49 och Anders Tunlid, Anders [dot] Tunlid [at] biol [dot] lu [dot] se, MEMEG, 046-222 37 52.


Integrerad vibrationsspektroskopi

Användning: Laboratoriet "Integrerad vibrationsspektroskopi – mikrotomlabb för molekylär biogeokemisk forskning" är placerat i Ekologihuset. Här kan vi registrera infraröda spektra och ramanspektra från de flesta prover, i fast form eller vätskeform. Infraröda spektra kan registreras med hög tidsupplösning i både transmissions- som reflektionsläge, och med hjälp av vår egendesignade apparatur kan vi analysera processer i interfasen mellan fast fas och vätskefas i realtid och under varierande förhållanden. Dessutom är labbet utrustat med FTIR och dispersiva ramanmikroskop som möjliggör insamling av infraröda spektra och ramanspektra med en upplösning på cirka 5 respektive 0,5 µm.

Placering: Ekologihuset, Mikrobiologisk ekologi, MEMEG.

Pris: Åtkomst till anläggningen sker främst inom gemensamma forskningsprojekt. Erfarna användare kan få egen instrumenttid i mån av tid mot en ringa kostnad.

Kontaktperson: Per Persson, per [dot] persson [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 17 96, MEMEG/CEC.


Instrument för detektion av radioaktiva och fluorescerande molekyler

Användning: En Typhoon FLA9500 Molecular Imager finns i Biologihus A. Det är ett bildanalyssystem för detektering och kvantitativ analys av biomolekyler med hjälp av fluorscens och radioisotoper. Instrumentet detekterar radioaktiva signaler från geler eller membran genom fosforskärmar. Geler och membran kan skannas på fluorscenssignaler.

Placering: Biologihus A, Molekylär cellbiologi.

Pris: Detta är ingen allmän serviceplattform för infrastruktur. Emellertid har instrumentet unika egenskaper som kan vara användbart för diverse molekylära tillämpningar.

Kontaktperson: Marita Cohn, Marita [dot] Corhn [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 72 56, Molekylär cellbiologi.


Mikroskopisystem för "live single-cell imaging" och bakteriell cellbiologi

Användning: Denna uppställning är placerad i Biologihus A och används för bakteriell cellbiologi. Den består av följande: Ett "microfluid cell perfusion"-system (CellASIC ONIX Microfluid platform), ett inverterat fluoroscensmikroskop (Zeiss Axio Observer Z1) och ett äldre liknande mikroskop. Båda mikroskopen är utrustade med varsin CMOS digitalkamera (Hamamatsu ORCA-Flash 4.0). Det nya mikroskopet är dessutom utrustad med en CCD-kamera (Hamamatsu ImagEM X2). Programvaran är Zeiss Zen Pro. Dessutom finns ett mikropunktlasersystem för fotoaktivering och fotoblekning.

Placering: Biologihus A, Molekylär cellbiologi.

Pris: Enligt överenskommelse.

Kontaktperson: Klas Flärdh, Klas [dot] Flardh [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 85 84, Molekylär cellbiologi.


Mikroplattläsare FLUOstar Omega

Användning: Mikroplattläsaren har luminiscens och polariserad fluoroscens. Kan användas för alla sorters cellulära, biokemiska, molekylära och epigenetiska tillämpningar, några exempel:

  • Mäta absorbansändringar i exempelvis cellulära co-faktorer som NADH och NADPH
  • ELISA, DNA och Bradfordprotein-kvantifiering
  • Reaktionsoptimering
  • Aggregationsmätning med exempelvis Thioflavin T
  • Utvärdering av PARP-inhibitorer
  • Mätning av mitokondriemembranpotentialer
  • GFP, YFP, luciferase, dual luciferas, BRET
  • ORAC, antioxidantaktivitet, syrekonsumption, ROS
  • Protein-, DNA- och RNA-kvantifiering (t.ex. Bradford, Absorbans 260/280, Quant-iT)

Mer info om apparaten FLUOstar på tillverkarens webbplats. Apparaten köptes in våren 2014 och är utrustad med 2 injektorer (3-350 µl).

Placering: Ekologihuset, plan 2, MEMEG. 

Användarregler: Förstagångsanvändare ges en kort introduktion av Caroline Isaksson. Bokningskalender finns vid apparaten. Om du vill köra långa körningar (längre än en vecka), kontakta Caroline Isaksson i förväg. Då programmerar hon apparaten så att man kan göra extrakörningar emellan.

Priser: Inte bestämt ännu.

Kontaktperson: Caroline Isaksson, Caroline [dot] Isaksson [at] biol [dot] lu [dot] se, Evolutionär Ekologi, 046 222 17 80.


Mikroplattläsare #2

Användning: I Biologihus C finns ytterligare en filterfotometer för mikrotiterplattor, installerad 2017. Det är en SpectraMax i3 multimode platform (Molecular Devices) med en SpectraMax MiniMax Imaging Cytometer. Den mäter spektral-baserad absorbans, fluorescens och luminiscens. Den har också en modulär uppgradering för Western Blot, bildhantering samt snabbkinetik med injektorer.

Placering: Biologihus C, Fysiologigruppen, Funktionell zoologi.

Pris: Ej bestämt ännu.

Kontaktperson: Lars Råberg, Lars [dot] Raberg [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 37 66, Fysiologigruppen, Funktionell zoologi.


Picarro "Cavity ring-down" spektrometer

Användning: Ett kolisotopanalysinstrument, Picarro G2201-i, finns i Ekologihuset. Tekniken den använder är "cavity ring-down spectrometry", som är optisk spektroskopi med hjälp av laser. Denna teknik används för att mäta koncentration per minut av löst oorganiskt kol, koldioxid och metan i jord, vilket visar hur markrespiration varierar under tid. Apparaten kan också generera långtidsstudier med hög upplösning in situ (dvs. under naturliga förhållanden) eller i labbexperiment. Ytterligare en viktig faktor är att instrumentet kan mäta isotopsammansättningen av koldioxid och metan med stor precision.

Placering: Ekologihuset, enheten för Biodiversitet, GC-labb.

Pris: Enligt överenskommelse.

Kontaktperson: Per Bengtson, Per [dot] Bengtson [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 37 60, Mikrobiologisk ekologi, enheten MEMEG.


Realtids-PCR-instrument (qPCR)

Användning: En Agilent Stratagene Mx3005P finns i Ekologihuset. Realtids-polymeraskedjereaktion mäter som namnet antyder förstärkningen av en riktad DNA-molekyl under polymeraskedjereaktionen i realtid, och inte efter reaktionen är slut, som i vanlig PCR. Instrumentet kan mäta relativa och absoluta kvantiteter av specifika DNA- eller RNA-molekyler, till exempel infektionsintensiteten hos olika patogener (DNA) eller geners genuttrycksprofiler (mRNA).

Placering: Ekologihuset, forskargrupp MEEL, MEMEG.

Pris: Instrumentet är tillgängligt för alla på institutionen. Det finns ingen användaravgift, men reagenser och förbrukningsvaror betalas av användaren.

Kontaktperson: Staffan Bensch, Staffan [dot] Bensch [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 42 92, MEMEG.


Ultracentrifuger

En uppsättning av olika ultracentrifuger finns i Biologihus A: Beckman L7-65, Beckman L8, Beckman-Coultier Avanti J-26 XP (4 stycken) med flera finns i parken. Dessa är för internt bruk inom Biologihus A men kan också användas av övriga inom institutionen i mån av tillgänglighet.

Placering: Biologihus A, bottenvåningen, Molekylär cellbiologi.

Pris: Självkostnadspris.

Kontakt: Elisabeth Barane, Elisabeth [dot] Barane [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 77 94 eller Lars Hederstedt, Lars [dot] Hederstedt [at] biol [dot] lu [dot] se, 046 222 86 22, Molekylär cellbiologi.


Vätskeskintillator Perkin Elmer TriCarb

Användning: Att spåra radioaktiva isotoper (alfa, beta och gamma) för, t. ex. mått på bakterietillväxt (3H-Leu inkorporering), svamptillväxt (14C-acetate inkorporering), 14CO2 fällor, etc. Faciliteten kan endast användas efter överenskommelse med kontaktpersonen. Användaren tillhandahåller all förbrukningsmaterial: vialer, vätskeskintilleringsvätska, etc.

Placering: Ekologihuset, plan 2

Priser: Till och med 2016 är användningen utan avgift, men från 2017 kommer avgift att debiteras för att finansiera underhåll och service (avgift kommer att bestämmas baserad på gjorda analyser).

Kontaktperson: Johannes Rousk, Johannes [dot] Rousk [at] biol [dot] lu [dot] se, MEMEG, 046 222 37 45.

3D-skrivare. Foto.
3D-skrivare Makerbot Replicator 2
3D-skrivare Makerbot Replicator 2

Gaskromatograf på labb. Foto.
Gaskromatograf med masselektiv detektor.
Gaskromatograf Agilent GC-MS 5975 med masselektiv detektor.

Flödescytometer, apparat. Foto.
Flödescytometer Accurri BD

Ett analysinstrument i ett laboratorium. Foto.
Flödescytometer
Flödescytometer

Gaskromatograf, apparat stående på labb. Foto.
Gaskromatograf YL Instrument 6500 GC
Gaskromatograf YL Instrument 6500 GC

En apparat och en datorskärm som står på en labbänk. Foto.
HPLC Thermo Scientific Ultimate 3000
HPLC Thermo Scientific Ultimate 3000

Ett antal apparater som står på labbänkar. Foto.
Integrerad vibraionsspekroskopi.
Integrerad vibraionsspekroskopi.

Ett mikroskop och andra instrument på en labbänk. Foto.
Integrerad vibraionsspekroskopi.
Integrerad vibraionsspekroskopi.

Mikroplattläsare, apparat. Foto.
Mikroplattläsare FLUOstar Omega
Mikroplattläsare FLUOstar Omega

Ett mikroskop kopplad till en mängd annan apparatur. Foto.
Mikroskopisystem för "live single cellimaging"
Mikroskopisystem för

Ett analysinstrument på en labbänk. Foto.
Picarro "Cavity ring-down" spektrometer
Picarro

Ett labbinstrument. Foto.
Realtids-PCR-instrument (qPCR)
Realtids-PCR-instrument (qPCR)

Vätskeskintillator, apparat på labb. Foto.
Vätskeskintillator Perkin Elmer TriCarb
Vätskeskintillator Perkin Elmer TriCarb

Alla foton är tagna av Erling Jirle.