Lunds universitet firar 350 år. Läs mer på lu.se

Meny

Javascript verkar inte påslaget? - Vissa delar av Lunds universitets webbplats fungerar inte optimalt utan javascript, kontrollera din webbläsares inställningar.
Du är här

DNA-sekvenseringsinformatik II, 7,5 hp

BINP27

Denna “hands on”-kurs kommer ge dig ytterligare erfarenhet av att kunna analysera data från “next generation sequencing”. Vi fokuserar särskilt på fördjupad analys efter assemblering av:

  • transkriptom-data
  • amplikon-data
  • genom-data

Arbetet sker i Linux-miljö.

Du kommer bland annat att arbeta med två verkliga fall av forskning som har bedrivits vid biologiska institutionen. En snabbkurs i python-programmering ingår tillsammans med utökad webb-programmering.

Kursen täcker följande områden:

  • genprediktion
  • alignments
  • fylogenetiska träd
  • metaboliska vägar
  • genordning
  • ontologi
  • ortologi
  • signalproteinermembranproteiner
  • utsöndrade proteiner
  • proteindomäner

Kursen avslutas med ett projektarbete under en vecka. Notera att de flesta kursmomenten kräver obligatorisk närvaro.

Sidansvarig:

Studievägledare

Lotta Persmark
Studievägledare
Utbildningskansliet

Telefon: 046-222 37 28
E-post: Lotta.Persmark [at] biol.lu.se

Christina Ledje
Studievägledare
Utbildningskansliet

Telefon: 046-222 73 16
E-post: Christina.Ledje [at] biol.lu.se

Huvudlärare

Björn Canbäck
Lektor
MEMEG

Telefon: 046-222 94 19
Mobil: 073-022 62 50
E-post: Bjorn.Canback [at] biol.lu.se

Kurslitteratur

Utdelat material.

Kursperiod

Kursen går under period 1 på vårterminen. Undervisningsspråk är engelska.